En el campeonato de Primera B 2001, bajo la dirección técnica de Roque Mercury, Deportes Temuco integró el grupo 4, junto a Provincial Osorno, camiseta japones 2022 Universidad de Concepción y Fernández Vial. En 1998, dirigido por Reinaldo Merlo, Deportes Temuco participó en la Copa Apertura (actual Copa Chile) y ganó el grupo D, con 11 puntos, posición que le permitió avanzar por tercera vez en su historia a las semifinales del torneo, camiseta bayern munich instancia en la que quedó eliminado luego de empatar sin goles en el partido de ida y caer por 0-2 en el partido de vuelta ante Audax Italiano.
