Superar las semifinales supuso que el Alavés se clasificase, por primera vez en sus 96 años de historia, para una final Copa del Rey, la cual se disputó el 27 de mayo de 2017 contra el Fútbol Club Barcelona. No obstante, la equipación que se impone es nuevamente la de camiseta azul y pantalón blanco. Posteriormente, en la jornada 36 y tras el empate a uno frente al Mirandés, el Almería decide junto a José Gomes rescindir el contrato que les vinculaba, haciéndose cargo del equipo Joan Francesc Ferrer Sicilia, más conocido como Rubi.